Не только лишь web-сайт
При слове "сайт" все привыкли понимать веб сайт. А именно сайт наполненный контентом, который индексируют поисковые системы и читают рядовые пользователи. Но web технологии - это не только форумы и социальные сети. С помощью любого серверного языка можно написать и внутреннюю систему, например какую-либо систему учёта в фирме, программу для записи или бронирования.
Для создания такой системы можно использовать привычные вам MySQL+PHP. Если вы привыкли работать с другой СУБД или другим серверным языком, например Ruby или Python - то и они точно так же подойдут. Вёрстку и стили тоже никто не отменял.
На плечи web можно переложить и создание корпоративного сайта со списком сотрудников, с приказами, должностями и даже какими-нибудь финансовыми отчётностями. Ту же штатную структуру можно отображать в виде дерева, с учётом иерархии должностей сотрудников организации. Каждому сотруднику можно дать одну из ролей, предусмотренных в системе и ограничить видимость того или иного контента. Например руководству показывать все данные, а сотрудникам лишь относящиеся к ним приказы и выговоры.
Плюсы такого подхода, перед написанием десктопного приложения, в том, что при необходимости вы можете очень быстро внести правки в проект и вам не придётся заново компилировать программу и заставлять всех пользователей обновляться. Web система всегда кроссплатформена. Если вы грамотно адаптивно её сверстали - сотрудникам будет удобно пользоваться ей и со смартфона или планшета.