Очистить файл достаточно просто можно следующим образом. Хорошо подходит для очистки логов.
cat
/dev
/null > access
.log
Посмотреть сколько места занимает каждая папка в директории. Например все ваши сайты хранятся в /var/www/
Тогда команда будет выглядеть так:
Сколько всего доступно места на сервере:
Смотреть за изменениями файла в режиме реального времени: